目標:系統性地學習醫學影像處理相關的計算機視覺知識,嘗試以程式語言處理醫學影像。雖然說是讀書會,我個人感覺起來比較像同好會 XD

數學

我每次看到有學弟妹們想要玩程式設計,只要不是搞前端或資安,而是想要跨醫工(影像、資料科學、訊號分析),我一律建議先把數學學好。學哪一種程式語言不重要,因為這幾個領域大部分都是使用別人的工具,程式都不會太長(要能夠開發自己的算法是不太可能的事情)。重點在於:要怎麼選擇正確的算法、函式庫?要怎麼分析資料並正確的理解該輸入甚麼?輸出的結果又如何判讀?急著開始學寫程式是事倍功半的!至於要學哪些呢?

  1. 微積分:高等數學的基礎,也是我學習統計學上的一道大門檻 :P
  2. 工程數學:玩建模必學
  3. 線性代數:大數據與影像處理不可或缺之工具。

至於用甚麼當教材?底下不是廣告!我個人喜歡劉明昌老師的講義。工數、線代我也都是讀他的書。對於沒時間讀原文書的同學,我覺得讀考研講義是最快最強的方法!(就好像讀老趙的解剖學一樣訴程、有效、強大)

語言

醫學影像庫最多的大概還是 matlab。而 Python 與 R 有崛起之趨勢。我本人以前大三的時候也是很會操作 matlab 的!(如下圖)。可能使用的教材是 Wiely-ISTE 的 Digital Signal and Image Processing using MATLAB(共三大本)。或者是比較輕薄短小的儒林《數位影像處理 Matlab》

matlab

這是傅立葉轉換元。當初的 code 跟報告投影片還在。可是我已經看不懂了(淚目)。怎麼獲取 Matlab … 暗黑教學網路上很多啦 XD 電子書某俄國網站上也很多,就自己找。找不到就不要學惹,不然就乖乖花錢買唄

我的想法

底下是循序漸進的概念

  1. 在了解數學工具和程式語言基本語法後,可以開始實作各種練習。(所需時間:兩個半月)
  2. 了解醫學影像的檔案格式及協定(如 DICOM
  3. 了解醫學影像如何讀取、修改、儲存(2 + 3 所需時間約兩周)
  4. 了解常用的影像處理原理(所需時間:兩個月)
  5. 使用 OpenCV 這個影像處理函式庫(所需時間:兩個月)
    1. MATLAB and OpenCV
    2. 註:Python and OpenCV
    3. 註:R and OpenCV
      1. 21 個醫學影像分析的 R 軟體套件
  6. 邀請與醫學影像處理相關的工程師來分享與討論

資料集

  1. DICOM library
  2. CVonline: Image Databases
  3. ImageProcessingPlace.com
  4. Cornell Public Image Databases
  5. Materialise
  6. Open-Access Medical Image Repositories
  7. Computer Vision Test Images